Dashboard Costa Rica – COVID19

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Dashboard Costa Rica – COVID19

Dashboard Costa Rica – COVID19

El presente Dashboard Costa Rica – COVID19 es un esfuerzo de Webscraping de sitios oficiales de información sobre la evolución de la Pandemia de COVID-19 en Costa Rica y una serie de proyecciones que se realizan de forma automática con el uso de algoritmos de Aprendizaje automático . Mucho de éstos trabajos están basados en el cálculo del Indice R0 y de lo trabajos que vengo haciendo por cantón, provincia e incluso par todos los países del mundo.

Este artículo es continuación del artículo previo sobre el  valor predictivo del Índice r0 pero en este caso para los cantones de Costa Rica . Echando un vistazo al Ejemplo de Costa Rica, necesitamos comenzar diciendo que el modelo funciona “mejor” cuando hay  un número constante de casos cada día.  En algunos casos  el hecho de que algunos “países” reporten cero casos en un determinado día,  trastoca  el modelo ( por motivo  de la división por cero )  y lo convierte en errático.

Datos de casos de COVID19 en Costa Rica

 

Para obtener una  mejor visión de cómo podrían ser los datos “verdaderos”, se aplicó un filtro gaussiano a las series de tiempo . Obviamente, éste es un truco mas de orden visual que busca suavizar la curva . Usualmente esto se hace,  ya que como lo expuse en éste articulo previo es un hecho de que todo el conjunto de procesos que lleva el procesamiento de los datos en el mundo real,  no es tan estocástico como el que al final se presenta en un informe del sistema de salud debidamente validado y ajustado. Veamos una gráfica de los casos diarios de COVID19 en Costa Rica.

En este caso la gráfica se actualiza diariamente de forma dinámica gracias a un  Dashboard  inteligente que hice para Costa Rica y que se puede consultar acá.

Total casos de coronavirus en Costa RicaEn éste caso este es el Dashboard Costa Rica – COVID19 del día 3 de Julio de 2020.  El dashboard en línea puede verse en este enlace.

 

Dashboard de Coronavirus en Costa Rica3-7-2020

 

Los primeros resultados del R0

A continuación, se pueden ver todos los días  de esta distribución del día “posterior”   graficados simultáneamente. Las observaciones posteriores comienzan sin mucha confianza (con una gráfica más amplia) y con el paso de los días se vuelven progresivamente más confiables  (o sea más angostos), esto sin duda es la clara representación de lo que al final significa el verdadero valor de   R0

Calculo del dia posterior par evaluar el valor de R0

Calculo del día posterior para evaluar el valor de R0. Costa Rica

Trazado en el dominio de tiempo con valores “creíbles”

Como nuestros resultados todavía presentan  alguna incertidumbre, vamos a colocarlos en una tabla,  y les calcularemos un límite superior y un limite inferior probabilístico con el valor más probable de R0,  utilizando el intervalo de mayor densidad.

La columna RO se refiere al valor “ML” ( most Likelihood) o sea el al valor más probable  en Costa Rica del Indice R0 cantonal. a la fecha de ayer,  ordenados de acuerdo a valores de los limites de R0 en Costa Rica en los últimos 15 días.

Las columnas “Low y High” se refieren a los límites superior e inferior de ese valor probable de R0.  Nótese que los valores en el caso de Costa Rica, los datos de R0 (ML) y los valores High y Low presentan un rango muy amplio,  lo que le aumenta significativamente el nivel de incertidumbre a todo el modelo.

Esto es una muestra mas , de lo difícil que resulta calcular el Indice R0 en el caso particular de Costa Rica y como veremos mas adelante cuando se compara Costa Rica con otros países,   resulta “castigada”.  Veamos la tabla de los valores de R0 para Costa Rica de los últimos 15 días (Esta imagen se actualiza diariamente en forma  dinámica )

Valores historicos del Indiced r0 par costa Rica

Valores históricos de R0 para Costa Rica

Esto se calculó con ayuda del intervalo de mayor densidad (IMD) y en este caso para el Período comprendido entre el inicio de la Pandemia y el día de hoy (este gráfico también se actualiza diariamente de forma dinámica).

Estos y otros  datos actualizados de COVID19 en Costa Rica  se pueden ver en el Dashboard Costa Rica – COVID19

Indice r0 calculado para cad dia desde el inicio de la Pandemias en Costa Rica

Indice r0 calculado para cada día desde el inicio de la Pandemia en Costa Rica

* Las marcas redondas de color rojo están en límites peligrosos,  en donde la probabilidad de infección se multiplica, las marcas redondas de color gris,   están en una zona de "riesgo"  y las marcas de color negro  son los valores en los  días donde hay pocas probabilidades de contagio.  Las bandas de color gris, representan la probabilidad mayor y menor del verdadero valor de R0, y que el algoritmo Bayesiano nos facilitó obtener.  Estas  franjas del Intervalo de mayor densidad IMD,  nos garantizan que el 95% de los valores esperados del R0 se encuentran dentro de esas franjas superior e inferior.

La importancia del valor predictivo del Indice R0

Costa Rica empezó a tener una situación de mayor riesgo como habíamos predicho en nuestra redes a  partir del día 3 de Junio,  en donde era evidente una subida del R0 a partir desde el día 25 de Mayo. el índice estaba por debajo de 1 y empieza a subir a 1.06, luego 1,22, 1,30 , 1.37 y así sucesivamente.

Análisis cantonal en Costa Rica

 

Utilizando los datos que recolecta el Ministerio de Salud y la CCSS ( gracias aporte de la UNED y el proyecto Geovisión A )  vamos a realizar una comparación entre los 81 cantones  y calcular para Costa Rica, el Indice R0 cantonal al dia de hoy . Vamos a usar las  cifras de R0 desde el inicio de la pandemia para que de forma visual podamos ver las semejanzas y diferencias entre los mismos.  Pero OJO: que este análisis debería realizarse cada día porque esa es una fotografía en un momento determinado. (1-7-2020)

Sobra decir que este “trabajito” no fue fácil y exigió un ejercicio de trabajo importante y un procesamiento de muchísima información conjunta.

 

Cálculo del Indice R0 para todos los cantones de Costa Rica  – www.juanbarrios.com –

Evaluando los resultados :

En este primer cuadro comparativo  tenemos el valor del indice par  Costa Rica del Indice R0 cantonal  en orden ascendente sin importar el rango de incertidumbre del valor del R0, sencillamente están ordenados del valor mas bajo al mas alto.

Cantones de Costa Rica valores del Indice R0 de Covid19 al 11-6-2020 ordenados de acuerdo a valor medio esperado.

Cantones de Costa Rica valores del Indice R0 de Covid19 al 11-6-2020 ordenados de acuerdo a valor medio esperado.

Valor del r0 cantonal de menor a mayor al 1-7-2020

En el segundo grupo  colocamos  de la misma forma a todos los cantones con sus  valores de R0 pero  considerando los valores y además sus  rangos de incertidumbre .

Cantones de Costa Rica valores del Indice R0 de Covid19 al 11-6-2020 ordenados de acuerdo a los valores del intervalo superior

Cantones de Costa Rica valores del Indice R0 de Covid19 al 11-6-2020 ordenados de acuerdo a valores de los limites

Cantones de Costa Rica valores del Ïndice R0 de Covid19 al 1-7-2020 ordenados de acuerdo a valores de los límites

Si quisiéramos establecer una regla de decisión por cantón para decidir Al igual en los países,  cuáles cantones están en una situación en control o sin control, tendríamos que decir que en este momento NO es posible por las magnitudes de los números y por ende por las incertidumbres implícitas a esta condición,  establecer cuáles cantones  están en riesgo y los que están sin riesgo . ( Los cantones con mas baja incertidumbre son san José central y Alajuela  pero aún estos están altos. )

Sin embargo al 1-7-2020 hay cuatro cantones que están en la categoría “No bajo control” por sus valores fuera de límite.

 

Análisis Provincial:  (histórico desde el inicio de la Pandemia)

Análisi de la evolución del Indice R0 por Provincia Costa Rica 15-3-2020 al 1-7-2020

Estos son cuadros comparativos  del valor del R0 para las  Provincias de  Costa Rica al  1-7-2020.  Como se puede observar las tres provincias con mas riesgo son Puntarenas , San José y Heredia, cuales cantones ? Los que estan arriba ..

 

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