Dashboard Costa Rica – COVID19
Dashboard Costa Rica – COVID19
El presente Dashboard Costa Rica – COVID19 es un esfuerzo de Webscraping de sitios oficiales de información sobre la evolución de la Pandemia de COVID-19 en Costa Rica y una serie de proyecciones que se realizan de forma automática con el uso de algoritmos de Aprendizaje automático . Mucho de éstos trabajos están basados en el cálculo del Indice R0 y de lo trabajos que vengo haciendo por cantón, provincia e incluso par todos los países del mundo.
Este artículo es continuación del artículo previo sobre el valor predictivo del Índice r0 pero en este caso para los cantones de Costa Rica . Echando un vistazo al Ejemplo de Costa Rica, necesitamos comenzar diciendo que el modelo funciona “mejor” cuando hay un número constante de casos cada día. En algunos casos el hecho de que algunos “países” reporten cero casos en un determinado día, trastoca el modelo ( por motivo de la división por cero ) y lo convierte en errático.
Datos de casos de COVID19 en Costa Rica
Para obtener una mejor visión de cómo podrían ser los datos “verdaderos”, se aplicó un filtro gaussiano a las series de tiempo . Obviamente, éste es un truco mas de orden visual que busca suavizar la curva . Usualmente esto se hace, ya que como lo expuse en éste articulo previo es un hecho de que todo el conjunto de procesos que lleva el procesamiento de los datos en el mundo real, no es tan estocástico como el que al final se presenta en un informe del sistema de salud debidamente validado y ajustado. Veamos una gráfica de los casos diarios de COVID19 en Costa Rica.
En este caso la gráfica se actualiza diariamente de forma dinámica gracias a un Dashboard inteligente que hice para Costa Rica y que se puede consultar acá.
En éste caso este es el Dashboard Costa Rica – COVID19 del día 3 de Julio de 2020. El dashboard en línea puede verse en este enlace.
Dashboard de Coronavirus en Costa Rica3-7-2020
Los primeros resultados del R0
A continuación, se pueden ver todos los días de esta distribución del día “posterior” graficados simultáneamente. Las observaciones posteriores comienzan sin mucha confianza (con una gráfica más amplia) y con el paso de los días se vuelven progresivamente más confiables (o sea más angostos), esto sin duda es la clara representación de lo que al final significa el verdadero valor de R0
Calculo del día posterior para evaluar el valor de R0. Costa Rica
Trazado en el dominio de tiempo con valores “creíbles”
Como nuestros resultados todavía presentan alguna incertidumbre, vamos a colocarlos en una tabla, y les calcularemos un límite superior y un limite inferior probabilístico con el valor más probable de R0, utilizando el intervalo de mayor densidad.
La columna RO se refiere al valor “ML” ( most Likelihood) o sea el al valor más probable en Costa Rica del Indice R0 cantonal. a la fecha de ayer, ordenados de acuerdo a valores de los limites de R0 en Costa Rica en los últimos 15 días.
Las columnas “Low y High” se refieren a los límites superior e inferior de ese valor probable de R0. Nótese que los valores en el caso de Costa Rica, los datos de R0 (ML) y los valores High y Low presentan un rango muy amplio, lo que le aumenta significativamente el nivel de incertidumbre a todo el modelo.
Esto es una muestra mas , de lo difícil que resulta calcular el Indice R0 en el caso particular de Costa Rica y como veremos mas adelante cuando se compara Costa Rica con otros países, resulta “castigada”. Veamos la tabla de los valores de R0 para Costa Rica de los últimos 15 días (Esta imagen se actualiza diariamente en forma dinámica )
Valores históricos de R0 para Costa Rica
Esto se calculó con ayuda del intervalo de mayor densidad (IMD) y en este caso para el Período comprendido entre el inicio de la Pandemia y el día de hoy (este gráfico también se actualiza diariamente de forma dinámica).
Estos y otros datos actualizados de COVID19 en Costa Rica se pueden ver en el Dashboard Costa Rica – COVID19
Indice r0 calculado para cada día desde el inicio de la Pandemia en Costa Rica
* Las marcas redondas de color rojo están en límites peligrosos, en donde la probabilidad de infección se multiplica, las marcas redondas de color gris, están en una zona de "riesgo" y las marcas de color negro son los valores en los días donde hay pocas probabilidades de contagio. Las bandas de color gris, representan la probabilidad mayor y menor del verdadero valor de R0, y que el algoritmo Bayesiano nos facilitó obtener. Estas franjas del Intervalo de mayor densidad IMD, nos garantizan que el 95% de los valores esperados del R0 se encuentran dentro de esas franjas superior e inferior.
La importancia del valor predictivo del Indice R0
Costa Rica empezó a tener una situación de mayor riesgo como habíamos predicho en nuestra redes a partir del día 3 de Junio, en donde era evidente una subida del R0 a partir desde el día 25 de Mayo. el índice estaba por debajo de 1 y empieza a subir a 1.06, luego 1,22, 1,30 , 1.37 y así sucesivamente.
Análisis cantonal en Costa Rica
Utilizando los datos que recolecta el Ministerio de Salud y la CCSS ( gracias aporte de la UNED y el proyecto Geovisión A ) vamos a realizar una comparación entre los 81 cantones y calcular para Costa Rica, el Indice R0 cantonal al dia de hoy . Vamos a usar las cifras de R0 desde el inicio de la pandemia para que de forma visual podamos ver las semejanzas y diferencias entre los mismos. Pero OJO: que este análisis debería realizarse cada día porque esa es una fotografía en un momento determinado. (1-7-2020)
Sobra decir que este “trabajito” no fue fácil y exigió un ejercicio de trabajo importante y un procesamiento de muchísima información conjunta.
Cálculo del Indice R0 para todos los cantones de Costa Rica – www.juanbarrios.com –
Evaluando los resultados :
En este primer cuadro comparativo tenemos el valor del indice par Costa Rica del Indice R0 cantonal en orden ascendente sin importar el rango de incertidumbre del valor del R0, sencillamente están ordenados del valor mas bajo al mas alto.
Cantones de Costa Rica valores del Indice R0 de Covid19 al 11-6-2020 ordenados de acuerdo a valor medio esperado.
En el segundo grupo colocamos de la misma forma a todos los cantones con sus valores de R0 pero considerando los valores y además sus rangos de incertidumbre .
Cantones de Costa Rica valores del Indice R0 de Covid19 al 11-6-2020 ordenados de acuerdo a valores de los limites
Si quisiéramos establecer una regla de decisión por cantón para decidir Al igual en los países, cuáles cantones están en una situación en control o sin control, tendríamos que decir que en este momento NO es posible por las magnitudes de los números y por ende por las incertidumbres implícitas a esta condición, establecer cuáles cantones están en riesgo y los que están sin riesgo . ( Los cantones con mas baja incertidumbre son san José central y Alajuela pero aún estos están altos. )
Sin embargo al 1-7-2020 hay cuatro cantones que están en la categoría “No bajo control” por sus valores fuera de límite.
Análisis Provincial: (histórico desde el inicio de la Pandemia)
Estos son cuadros comparativos del valor del R0 para las Provincias de Costa Rica al 1-7-2020. Como se puede observar las tres provincias con mas riesgo son Puntarenas , San José y Heredia, cuales cantones ? Los que estan arriba ..
